Papa III. Boniface’ın 1303’teki ölümünün ardından Büyük Bölünme yılları da dahil olmak üzere Kilise, ciddi ve uzun süreli kurumsal bir kriz yaşayacaktı. Bu krizin ilk aşaması Papalığın 1305-1378 yılları arasındaki Babil Sürgünü dönemi oldu. Dönemin adı MÖ 598-7 ve MÖ 587-6 yıllarında, Yehuda Krallığının Babillilerce fethedilmesinin ardından, Yahudilerin Babil’e sürülüp burada yaşadıkları tutsaklık dönemine bir göndermeydi. Bu olaya benzer biçimde Papalık, İtalya’daki savaşların yol açtığı güvenlik sorunları nedeniyle Roma’da değil, Avignon’da bulunuyordu. Burada Fransız Kralının koruması altındaki papalar, kilise yönetimini merkezileştirme, finansmanını sağlamlaştırma ve sapkınlığa karşı etkin bir mücadele verme gayreti içinde oldular.

Hıristiyan aleminin baskısı sonunda papaları Roma’ya dönmeye zorladı. 1377 yılında Papa XI. Gregori Kutsal Kente geri döndü; ertesi yıl da öldü. Bunun üzerine üyelerinin çoğunluğu Fransızlardan oluşan Kardinaller Koleji bir jest yapıp, Papa VI. Urban adıyla bir İtalya’nı Papalığa seçti. Urban ise, hemen onlarla tartışmaya girecek ve birkaç ay sonra tekrar bir araya gelen Fransız kardinaller de onun yerine kendi vatandaşları olan VI. Clement’i getireceklerdi. Ama Urban görevi bırakmadı, aksine tümüyle İtalyanlardan oluşan yeni bir Kardinaller Koleji atadı. Roma’da Urban Avignon’da da Clement ile Kilisenin kurumsal krizinde yeni bir aşamaya geçilmişti: 1378’de başlayıp 1417’ye kadar sürecek olan Büyük Bölünme dönemine. Bu bölünme sırasında Fransa ile onun İskoçya, Kastilya ve Aragon gibi siyasal yörüngesindeki ülkeler Clement’i tanırlarken, geriye kalanlar da Urban’ı takip edeceklerdi.

Uluslararası kilise düzeni Roma ve Avignon kamplarına bölünmüştü ve şu ya da bu papanın ölümü bu bölünmeyi sona erdirmeye yeterli olmuyordu. Çünkü, Fransız ya da İtalyan, her iki kampın da yeni papayı seçecek ayrı bir Kardinaller Koleji vardı. Papalığın otoritesi açısından durum oldukça umutsuzdu. 1409’da yüksek derece rahiplerden oluşan Pisa Konseyi her iki papayı da görevden almaya ve yerlerine yeni bir tane atamaya karar aldıysa da, ne mevcut Fransız, ne de İtalyan Papa bu kararı kabul etti.

Büyük Bölünme, 1417’de toplanan ve Orta Çağ tarihinin en kalabalık dinsel toplantısı olan Konstanz Konseyiyle sona erdi. Konseyin V. Martin’i Papa olarak seçmesiyle Avrupa’nın dinsel birliği de yeniden sağlanmış oldu.

Kilisenin uzun süren kurumsal krizinin son dönemi ise İtalyan yöresel papalığıdır. Yüz yıl sürecek olan bu dönem, Protestan Reformu ile sona erecek ve Avrupa bir daha dinsel birliğe geri dönmemek üzere bölünecekti.

Kilisenin kurumsal krizi boyunca Avrupa’daki yerel din adamları da giderek prestij kaybediyorlardı. Bunun en önemli nedeni de okuma yazma oranının yükselmesiydi. Okul sayısındaki artış ve kitap maliyetlerindeki düşme, çok sayıda insanın okumayı öğrenmesini sağlamıştı. İnsanlar İncil’in bölümlerini ve popüler dini kitapları okumaya başladıklarında, yerel rahiplerinin hiç de öyle İsa ve havarileri tarafından belirlenen standartlara göre yaşamadıklarını fark edeceklerdi. Çağın felaketleri ile baş etme gayretleri de dini inançlarda alternatif yollar aramalarına zemin oluşturmuştu. Bu arayışın sonucunda ortaya çıkan sapkınlar (heretikler), inanç sistemleri Orta Çağ Kilisesinin öğretilerine uymayan dini gruplardı. Kilisenin resmi öğretilerini yadsımakla birlikte bunlar, kendilerini Hıristiyan, hatta gerçek Hıristiyanlar olarak görüyorlardı.

Geç Orta Çağda İngiltere’de sapkınlığı başlatan John Wyclif oldu. Oxford teoloğu Wyclif’e göre, Yeni Ahit’in belirlediği standartlara bakıldığında, Kilise hiyerarşisi muazzam bir lüks içinde yaşıyordu ve tek çözüm, yolsuzluk yapan rahipleri, havariler tarafından belirlenen standartlar dahilinde yaşayacak olanlarla değiştirerek kiliseyi reformdan geçirmekti.

Wyclif’in kiliseye karşı duruşu İngiltere aristokrasisine de çok çekici geldi. Bu duruş onlara kilise ganimetleriyle kendilerini zenginleştirme olanağı sağlayabilirdi. Böylece Wyclif aristokrasiden de destek alacak ve Lollards olarak anılan çok sayıda takipçiyi yanına çekecekti.

Sapkınların yakılarak cezalandırılmalarını isteyen Kilise, bu görevin yerine getirilmesini laik yöneticilerden bekliyordu. Ama o tarihlerde İngiltere’de sapkınlığa karşı kamusal ilgi düşük olduğundan, Kral Richard kilisenin baskılarına karşı durmuş ve yakılma yolunu açmamıştı. Ne var ki, onu izleyen IV. Henry döneminde durum değişecek ve dinsel gerekçelerle insan yakmak 1401 yılından itibaren İngiltere’de de başlayacaktı.

Wyclif ölümünden 41 yıl sonra mahkum edildi, kitapları ve mezarından çıkartılan cesedinin kalıntıları yakıldı. 1414’deki Lollard ayaklanması da başarısızla uğrayınca, hareket yeraltına çekildi. Kral VIII. Henry döneminde ise Lollardlar, Protestanlığın yükselen güçleri içindeki yerlerini alacaklardı.

Bohemya Wyclifizminin etkisi daha güçlü oldu. Burada, Wyclif’in fikirleri vaiz Jan Hus tarafından benimsenmiş, Hus’un Wyclifizme kattığı toplumsal adalet kaygıları da, akımın takipçi sayısını arttırmıştı.

1415’de görüşlerini savunmak üzere Konstanz Konseyine davet edilen Hus, kendisine yaşam güvencesi verilmiş olmasına karşın, bu güvence hükümsüz kılınarak yargılandı ve suçlu bulunup yakıldı. Bunun üzerine de Bohemya’daki takipçileri açık bir isyan başlattılar. 1420-24 yılları arasında alt sınıf Husçu ordular, kör komutanları Jan Zizka yönetiminde, tam teçhizatlı Alman şövalyelerinin istilacı kuvvetlerini yenip durdular.

1434 yılında aristokrat Husçular hareketin denetimini ele geçirecek ve radikalleri bertaraf edeceklerdi. Böylece Bohemya’da da dini arındırma girişimleri sona erdi. Ama Husçu hareket, kendisinden tam yüz yıl sonra gelişecek Protestanlığa davetiyeyi çıkarmıştı bile.